2026년 8월 3일 정부가 발표한 2026년 세제개편안에서 부동산 세제와 관련해 가장 눈에 띄는 변화 중 하나가 바로 장기보유특별공제 개편입니다.
정부는 주택에 적용되는 장기보유특별공제를 ‘장기거주소득공제’로 변경하고, 1세대 1주택자의 공제방식을 단계적으로 보유기간 중심에서 거주기간 중심으로 전환하겠다고 밝혔습니다.
현재 1세대 1주택자의 장기보유특별공제는 보유기간과 거주기간을 각각 반영하는 구조입니다. 하지만 개편안에 따르면 2028년부터 거주기간의 비중을 높이고, 2029년부터는 거주기간에 대해 연 8%, 최대 80%를 공제하는 구조로 전환됩니다.
그렇다면 실제로 장기거주소득공제는 어떻게 계산하는지, 오래 보유했지만 실제 거주기간이 짧다면 어떻게 되는지, 그리고 2028년 7월에 6억7천만원에 분양받은 아파트를 2035년에 9억원 또는 13억원에 매도한다면 어떤 차이가 생기는지까지 하나씩 살펴보겠습니다.
주의: 아래 내용은 2026년 8월 3일 정부가 발표한 「2026년 세제개편안」을 기준으로 작성했습니다. 아직 최종 법률이 확정된 것이 아니므로 향후 국회 심의 및 시행령 개정 과정에서 내용이 변경될 수 있습니다.
목차
- 장기보유특별공제가 장기거주소득공제로 바뀌는 이유
- 2027년·2028년·2029년, 공제방식은 어떻게 달라지나
- 장기거주소득공제는 어떻게 계산하나
- 실제 분양 아파트로 계산해보기｜9억원에 팔면? 13억원에 팔면?
- 장기거주소득공제 한도와 10년 이상 장기 거주자 혜택
- 실거주하지 않은 기간은 모두 불리할까?｜공무원 전근·순환근무도 해당될까
- 다주택자의 장기거주소득공제는 어떻게 달라지나
- 장기거주소득공제에서 꼭 확인해야 할 것
- 마무리
1. 장기보유특별공제가 장기거주소득공제로 바뀌는 이유
이번 2026년 세제개편안에서 정부가 제시한 부동산 세제의 큰 방향은 실거주하는 1주택자는 보호하면서 비거주주택과 일정가액 이상의 주택 등에 대한 세부담을 정상화하는 것입니다.
그 방향을 대표적으로 보여주는 제도가 바로 장기보유특별공제 개편입니다.
정부는 현행 주택 장기보유특별공제를 ‘장기거주소득공제’로 변경하고, 거주기간의 비중을 단계적으로 높이는 방안을 제시했습니다.
즉 앞으로 주택을 장기간 보유할 계획이라면 단순히
“이 집을 몇 년 가지고 있을까?”
만 생각해서는 안 됩니다.
앞으로는
“이 집에 실제로 몇 년 거주할 것인가?”
도 양도소득세 측면에서 중요한 요소가 됩니다.
2. 2027년·2028년·2029년, 공제방식은 어떻게 달라지나
이번 개편에서 가장 중요한 부분입니다.
1세대 1주택자의 장기보유특별공제는 다음과 같이 단계적으로 변경됩니다.
| 양도 시점 | 거주기간 공제 | 보유기간 공제 | 최대 공제율 |
|---|---|---|---|
| 2027년까지 | 연 4%, 최대 40% | 연 4%, 최대 40% | 80% |
| 2028년 | 연 6%, 최대 60% | 연 2%, 최대 20% | 80% |
| 2029년 이후 | 연 8%, 최대 80% | 없음 | 80% |
여기서 중요한 점은 최대 공제율이 80%에서 80% 이상으로 늘어나는 것이 아니라는 것입니다.
최대 80%라는 한도는 유지하면서, 그 80%를 구성하는 방식이 바뀌는 것입니다.
2027년까지는 보유기간과 거주기간이 각각 연 4%씩 반영됩니다.
2028년에는 보유기간의 공제율이 연 2%로 줄어드는 대신 거주기간 공제율이 연 6%로 높아집니다.
그리고 2029년부터는 보유기간 공제가 사라지고 거주기간만 연 8%씩 반영됩니다.
따라서 앞으로는 같은 10년 보유 주택이라도 실제 거주기간에 따라 장기거주소득공제율이 크게 달라질 수 있습니다.
3. 장기거주소득공제는 어떻게 계산하나
정부 상세본에서는 기존 장기보유특별공제의 기본적인 계산 구조를 양도차익 × 공제율로 제시하고 있습니다.
양도차익은 기본적으로
양도가액 – 필요경비
로 계산합니다.
그리고 1세대 1주택 고가주택의 경우에는 양도가액 중 12억원을 초과하는 비중에 해당하는 양도차익에 대해 과세하는 구조가 적용됩니다.
따라서 장기거주소득공제의 구조를 단순화하면 다음과 같이 이해할 수 있습니다.
장기거주소득공제액 = 공제 대상 양도차익 × 장기거주소득공제율
2029년 이후 1세대 1주택자의 경우에는 거주기간을 기준으로
거주기간 × 연 8%
의 방식으로 공제율이 정해지는 구조입니다.
예를 들어 7년을 실제 거주했다면:
7년 × 8% = 56%
가 됩니다.
다만 이것은 공제율을 계산하는 예시이지 실제 최종 양도소득세를 계산한 것은 아닙니다.
실제 양도소득세에는 1세대 1주택 비과세 요건, 고가주택 해당 여부, 양도차익, 필요경비, 기본공제 등 여러 요소가 함께 반영됩니다.
4. 실제 분양 아파트로 계산해보기｜9억원에 팔면? 13억원에 팔면?
이번에는 조금 더 이해하기 쉽게 실제 사례를 가정해보겠습니다.
제가 실제로 분양받은 아파트를 기준으로 단순화해서 계산해보겠습니다.
취득 조건
- 분양일자: 2028년 7월 1일
- 분양가: 6억 5,000만원
- 발코니 및 옵션: 2,000만원
- 총 취득 관련 금액: 6억 7,000만원
그리고 2035년 7월 1일까지 7년간 실제 거주했다고 가정하겠습니다.
2035년은 2029년 이후이므로 장기거주소득공제는 거주기간 연 8% 구조가 적용된다고 가정합니다.
7년 거주이므로 단순 공제율은:
7년 × 8% = 56%
입니다.
※ 아래 계산은 장기거주소득공제의 구조를 이해하기 위한 단순 예시입니다. 취득세, 법무사비, 중개보수 등 실제 필요경비와 개인별 세금 요건은 반영하지 않습니다. 발코니·옵션 비용 역시 실제 세무상 필요경비 인정 여부와 증빙 등을 별도로 확인해야 합니다.
① 2035년 7월 1일, 9억원에 매도한다면?
취득 관련 금액을 6억7천만원으로 단순 가정하면 양도차익은:
9억원 – 6억7천만원
= 2억3천만원
입니다.
그런데 1세대 1주택자가 비과세 요건을 충족한다면 양도가액 12억원 이하의 주택은 1세대 1주택 양도소득세 비과세 대상이 될 수 있습니다. (단, 취득 당시 해당 주택이 조정대상지역에 위치했다면 2년 거주 요건을 채워야 함)
따라서 이 사례에서는
9억원에 매도 → 양도소득세 비과세
가 적용되는 상황을 가정할 수 있습니다.
즉 장기거주소득공제율 56%를 계산하는 것보다 먼저 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하는지가 더 중요합니다.
② 같은 날 13억원에 매도한다면?
이번에는 같은 아파트를 13억원에 매도한다고 가정해보겠습니다.
단순 양도차익은:
13억원 – 6억7천만원
= 6억3천만원
입니다.
하지만 13억원 전체에 양도소득세가 과세되는 것은 아닙니다.
1세대 1주택 고가주택의 경우 12억원을 초과하는 부분에 해당하는 양도차익이 과세 대상이 되는 구조이기 때문입니다. 정부 상세본 역시 장기보유특별공제 계산에서 양도가액 중 12억원 초과 비중을 반영하도록 제시하고 있습니다.
따라서 단순화하면 과세 대상 양도차익은:
6억3천만원 × (13억원 – 12억원) ÷ 13억원
약 4,846만원입니다.
여기에 2035년 기준 장기거주소득공제율 56%를 적용하면:
4,846만원 × 56%
≈ 2,714만원
정도가 장기거주소득공제로 빠지는 구조가 됩니다.
그리고 10년 미만 거주이므로 이번 개편안의 장기 거주 1주택 기본공제 확대 대상에는 해당하지 않는다고 가정해야 합니다.
현재 기본공제는 연 250만원이고, 정부는 10년 이상 거주한 양도가액 30억원 이하의 1세대 1주택에 대해서만 연간 2,500만원으로 확대하는 방안을 제시했습니다.
따라서 이 사례에서는 장기거주소득공제를 적용한 뒤 기본공제 등을 반영해야 최종 과세표준을 계산할 수 있습니다.
9억원과 13억원 매도의 차이
| 구분 | 9억원 매도 | 13억원 매도 |
|---|---|---|
| 취득 관련 금액 가정 | 6억7천만원 | 6억7천만원 |
| 단순 양도차익 | 2억3천만원 | 6억3천만원 |
| 12억원 초과 | 없음 | 1억원 |
| 1세대 1주택 비과세 | 적용 가정 | 12억원 초과분은 과세 |
| 2035년 거주기간 | 7년 | 7년 |
| 장기거주소득공제율 | 56% | 56% |
| 핵심 포인트 | 양도세 비과세 | 고가주택 양도세 계산 필요 |
여기서 알 수 있듯이 1세대 1주택이라고 해서 고가주택을 매도할 때 양도세가 무조건 0원이 되는 것은 아닙니다.
따라서 장기거주소득공제는 특히 12억원을 초과하는 고가 1주택을 매도하는 경우 더욱 관심 있게 볼 필요가 있습니다.
5. 장기거주소득공제 한도와 10년 이상 장기 거주자 혜택
이번 개편에서는 장기거주소득공제 자체의 한도도 새롭게 설정됩니다.
| 양도 시점 | 공제한도 |
|---|---|
| 2027년 | 별도 한도 없음 |
| 2028년 | 20억원 |
| 2029년 이후 | 10억원 |
정부 상세본에 따르면 이 한도는 인별 연간 한도와 양도 물건별 한도에 각각 적용되며, 공동소유 또는 시점을 달리해 분할양도하는 경우에는 지분·분할양도 비율에 따라 안분하는 구조입니다.
다만 여기서 또 하나 눈여겨볼 내용이 있습니다.
정부는 10년 이상 거주한 1세대 1주택에 대해서 양도소득 기본공제를 확대하는 방안도 함께 제시했습니다.
현재 양도소득 기본공제는 연 250만원이지만,
10년 이상 거주 + 양도가액 30억원 이하 + 1세대 1주택
요건을 충족하면 연간 2,500만원의 기본공제를 적용하는 방안입니다.
즉, 장기간 실제 거주하는 1주택자에게는 장기거주소득공제뿐 아니라 기본공제 확대 효과까지 함께 고려할 수 있습니다.
반대로 앞의 제 사례처럼 7년 거주 후 매도하는 경우에는 이 별도의 10년 이상 거주 요건을 충족하지 못합니다.
6. 실거주하지 않은 기간은 모두 불리할 까?｜공무원 전근·순환근무도 해당될까
이번 개편안을 보고 많은 사람들이 걱정할 만한 부분입니다.
특히 온라인에서는
“공무원처럼 근무지를 옮겨 다니는 직업은 어쩌라는 거냐”
“순환근무 때문에 다른 지역에서 근무하면 비거주 주택이 되는데 어떻게 하라는 거냐”
와 같은 반응이 나올 수 있습니다.
그런데 정부의 상세 개편안을 보면 근무상 형편으로 인한 주거이전을 일정 요건에서 거주기간으로 인정하는 내용이 실제로 포함되어 있습니다.
정부는 다음과 같은 부득이한 사유를 예시로 들고 있습니다.
- 고등학교·대학교 취학
- 직장 변경·전근 등 근무상 형편
- 1년 이상 치료·요양이 필요한 질병
- 학교폭력 피해로 인한 전학
- 취학 또는 근무상 형편에 따른 해외 체류
- 60세 이상 직계존속 동거봉양
- 그 밖에 유사한 부득이한 사유
다만 여기에는 조건이 있습니다.
아무나 자동으로 인정되는 것은 아닙니다.
정부 개편안에서는 다음 요건을 모두 충족해야 하는 구조입니다.
- 주거를 이전하는 날 현재 해당 주택에 1년 이상 계속 거주하고 있을 것
- 직장 변경·전근 등 부득이한 사유가 발생할 것
- 원칙적으로 타 시·군으로 주거를 이전할 것
이때 세대원 전원 또는 일부가 이전하는 경우도 포함되며, 광역시 내 구지역과 읍·면지역 간 이전 등 정부가 별도로 정한 경우도 타 시·군 이전에 포함됩니다.
이러한 요건을 충족하면 해당 비거주기간을 최장 3년까지 거주기간으로 인정하는 방안입니다.
따라서 “공무원은 무조건 불리하다”라고 단정할 필요는 없습니다.
다만 공무원이라는 직업 자체가 자동으로 예외가 되는 것은 아니며, 실제 전근 여부, 기존 거주기간, 이전 지역 등 구체적인 요건을 따져봐야 합니다.
이 부분은 앞으로 실제 법령이 확정되면 공무원·교직원·군인·기업 전근자 등 사례별로 다시 한번 확인해볼 필요가 있는 부분입니다.
재개발·재건축 때문에 못 산 기간도 확인해야 합니다
비거주기간 인정은 근무상 형편에만 해당하지 않습니다.
재개발·재건축 등으로 실제 주택에 거주하지 못하는 경우에도 일정 요건을 충족하면 공사기간의 일부를 거주기간으로 인정하는 내용이 별도로 포함되어 있습니다. 정부 상세본은 장기거주 소득공제뿐 아니라 종부세 세액공제에서도 재개발·재건축 신축주택 공사기간에 대한 거주기간 인정 규정을 두고 있습니다.
따라서 “직장 때문에 못 살았으니 무조건 손해”, “재건축 때문에 못 살았으니 거주기간에서 빠진다”라고 단순하게 생각하기보다 비거주기간을 거주기간으로 인정하는 예외규정을 먼저 확인하는 것이 중요합니다.
7. 다주택자의 장기거주소득공제는 어떻게 달라지나
이번 개편은 1세대 1주택자에게만 적용되는 변화가 아닙니다.
다주택자의 주택에 대한 장기보유특별공제도 거주공제 중심으로 단계적으로 전환됩니다.
정부 상세본에 따르면 다주택자는 다음과 같은 구조입니다.
| 양도 시점 | 거주 공제 | 보유 공제 |
|---|---|---|
| 2027년까지 | – | 연 2%, 최대 30% |
| 2028년 | 연 2%, 최대 30% | 연 1%, 최대 15% |
| 2029년 이후 | 연 2%, 최대 30% | 없음 |
다만 거주공제는 2년 이상 거주한 경우에 적용되며, 2028년에는 거주공제와 보유공제 중 높은 공제율을 적용하고 2029년부터는 거주공제로 전환하는 방식입니다.
따라서 다주택자도 앞으로는 단순 보유기간뿐만 아니라 실제 거주 여부를 함께 확인해야 합니다.
8. 장기거주소득공제에서 꼭 확인해야 할 것
주택을 매도하기 전에 다음 내용을 순서대로 확인하는 것이 좋습니다.
① 내가 1세대 1주택자인가?
1세대 1주택과 다주택자는 장기거주소득공제 구조가 다릅니다.
② 언제 매도할 예정인가?
2027년, 2028년, 2029년 이후의 공제방식이 각각 다릅니다.
③ 실제 거주기간은 얼마나 되는가?
2029년 이후에는 거주기간이 공제율에 직접적인 영향을 미치므로 특히 중요합니다.
④ 비거주기간을 거주기간으로 인정받을 수 있는가?
전근·직장변경·취학·질병·부모봉양·재개발·재건축 등 예외규정이 있는지 확인해야 합니다.
⑤ 10년 이상 장기 거주했는가?
10년 이상 거주한 1세대 1주택은 양도소득 기본공제가 확대되는 별도 혜택도 있으므로 확인해야 합니다.
⑥ 양도가액이 12억원을 초과하는가?
12억원을 초과하는 고가주택이라면 1세대 1주택이라고 하더라도 양도소득세 계산이 필요할 수 있습니다.
9. 마무리
2026년 세제개편안에서 장기보유특별공제를 장기거주소득공제로 전환하는 것은 앞으로 주택을 장기간 보유하려는 사람에게 상당히 중요한 변화입니다.
최대 공제율 80% 자체가 없어지는 것은 아니지만,
2027년까지는 보유 4% + 거주 4%
2028년에는 보유 2% + 거주 6%
2029년부터는 거주 8%
으로 바뀌면서 거주기간의 중요성이 점점 커집니다.
특히 고가 1주택을 보유한 경우에는 단순히 “1주택자니까 양도세가 없다”고 생각하기보다 12억원 초과 여부와 장기거주소득공제를 함께 살펴볼 필요가 있습니다.
또한 직장 변경이나 전근, 재개발·재건축 등으로 불가피하게 비거주기간이 발생하는 경우에도 일정 요건을 충족하면 거주기간으로 인정받을 수 있는 예외규정이 있으므로 무조건 불리하다고 생각할 필요는 없습니다.
앞으로 실제 법령이 확정되면 이 글에 장기거주소득공제 계산 사례와 실제 양도소득세 계산 예시를 추가해 업데이트하겠습니다.
※ 이 글은 2026년 8월 3일 발표된 정부의 「2026년 세제개편안」을 기준으로 작성했습니다. 세법 개정 과정에서 내용이 변경될 수 있으므로 실제 주택 매도나 세금 신고 전에는 최종 법령과 개인별 적용요건을 반드시 확인하시기 바랍니다.
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정부 정책과 세금 제도는 관련 법령과 정부·공공기관의 공식 자료를 확인한 뒤, 실제 생활에서 어떤 의미가 있는지 쉽게 풀어 설명합니다.
단순한 정책 요약에 그치지 않고 실제 계산, 비교, 신청 과정, 주의사항 등 독자가 직접 활용할 수 있는 정보를 제공하는 것을 목표로 합니다.